關于公開征求《寨卡病毒核酸檢測試劑注冊審查指導原則（征求意見稿）》等4項體外診斷試劑注冊審查指導原則意見的通知
各有關單位：
??根據國家藥品監督管理局2022年度醫療器械注冊審查指導原則制修訂計劃的有關要求，我中心組織編制了《基于高通量測序技術的非小細胞肺癌相關基因變異檢測試劑臨床試驗注冊審查指導原則（征求意見稿）》。現向社會公開征求意見。
??如有意見和建議，請填寫意見反饋表（附件5），以電子郵件的形式于2022年10月28日前反饋至我中心相應聯系人。郵件主題及文件名稱請以“《XX注冊審查指導原則（征求意見稿）》意見反饋+反饋單位名稱”格式命名。
??聯系人及方式：
??1.寨卡病毒核酸檢測試劑注冊審查指導原則（征求意見稿）
??聯系人：程曦
??電話：010-86452580
??電子郵箱：chengxi@cmde.org.cn
??2.布魯氏菌IgM/IgG抗體檢測試劑注冊審查指導原則（征求意見稿）
??聯系人：程曦
??電話：010-86452580
??電子郵箱：chengxi@cmde.org.cn
??3.丙型肝炎病毒抗體檢測試劑注冊審查指導原則（征求意見稿）
??聯系人：解怡
??電話：010- 86452862
??電子郵箱：xieyi@cmde.org.cn
??4.基于高通量測序技術的非小細胞肺癌相關基因變異檢測試劑臨床試驗注冊審查指導原則（征求意見稿）
??聯系人：方麗，徐超，李冉
??電話：010-86452538，010-86452539，010-86452536
??電子郵箱：fangli@cmde.org.cn，xuchao@cmde.org.cn，liran@cmde.org.cn
??附件：
1.基于高通量測序技術的非小細胞肺癌相關基因變異檢測試劑臨床試驗注冊審查指導原則（征求意見稿）
2.意見反饋表
國家藥品監督管理局
醫療器械技術審評中心
2022年10月8日
本文為附件1：
基于高通量測序技術的非小細胞肺癌相關基因變異檢測試劑臨床試驗注冊審查指導原則（征求意見稿）
本指導原則旨在指導注冊申請人對基于高通量測序技術的非小細胞肺癌相關基因變異檢測試劑臨床試驗的設計及開展，同時也為技術審評部門對注冊申報資料的技術審評提供參考。
本指導原則是針對基于高通量測序技術的非小細胞肺癌相關基因變異檢測試劑臨床評價的一般要求，申請人應依據產品的具體特性確定其中內容是否適用，若不適用，需具體闡述理由及相應的科學依據，并依據產品的具體特性對注冊申報資料的內容進行充實和細化。
本指導原則是對申請人和審查人員的指導性文件，但不包括注冊審批所涉及的行政事項，亦不作為法規強制執行，如果有能夠滿足相關法規要求的其他方法，也可以采用，但需要詳細闡明理由，并對其科學合理性進行驗證，提供詳細的研究資料和驗證資料，相關人員應在遵循相關法規的前提下使用本指導原則。
本指導原則是在現行法規和標準體系以及當前認知水平下制定的，隨著法規和標準的不斷完善，以及科學技術的不斷發展，本指導原則相關內容也將適時進行調整。
一、適用范圍
本指導原則所闡述的基于NGS技術的NSCLC基因變異檢測試劑，是指采用NGS技術檢測NSCLC患者福爾馬林固定石蠟包埋組織樣本中的基因變異狀態的體外診斷試劑（以下簡稱“申報產品”）。
本指導原則適用于進行首次注冊申報和相關許可事項變更的產品。
有關此類產品的背景信息以及本指導原則適用范圍確定的依據參見附件。
二、臨床試驗設計
（一）臨床性能研究
1.臨床試驗機構及人員
申請人應選擇不少于3家經醫療器械臨床試驗機構備案的臨床機構開展臨床試驗。臨床試驗機構應具有病理診斷、分子生物學等檢測的優勢，實驗操作人員應有足夠的時間熟悉檢測系統的各環節（儀器、試劑、質控及操作程序等），熟悉評價方案。臨床試驗整個過程均應處于有效的質量控制下，最大限度保證試驗數據的準確性及可重復性。
2.臨床試驗適用人群和樣本類型
適用人群為經病理診斷為NSCLC的人群。應注意納入NSCLC不同分期的病例，應包括Ⅰ～Ⅳ；同時應納入不同的組織分型（包括腺癌、鱗癌、腺鱗癌以及大細胞癌）等。陽性樣本應包括不同突變率的樣本。所納入人群應在各年齡段均有分布。
臨床試驗所用的樣本類型應為FFPE樣本。如對于穿刺標本及手術標本均適用，則臨床試驗中對于兩種標本均應納入。臨床樣本的處理、保存和核酸提取等應分別滿足申報產品說明書及對比試劑說明書的相關要求。
3.對比方法的選擇
可選擇參考方法或已上市同類產品作為對比方法。參考方法的檢測可在臨床試驗機構完成也可委托具有資質的第三方機構完成。對比方法的選擇應從預期用途、樣本要求、檢測性能、檢測范圍、所檢突變是否可以分型等方面，確認其與申報產品具有較好的可比性。也可以采用多種對比方法來分別進行對比。
4.最低樣本量
臨床試驗樣本量應采用適當的統計學方法進行估算，并詳細描述所使用統計方法及各參數的確定依據。此部分臨床試驗目的為評估兩種檢測方法之間的一致性，因此建議采用單組目標值法進行最低樣本量的估算。通過陽性符合率和陰性符合率來分別計算所需陽性樣本和陰性樣本的例數，應針對每個基因分別進行樣本量的估算。
陰、陽性符合率的臨床可接受標準（P0）建議不低于90%。當評價指標PT接近100%時，該樣本量估算方法可能不適用，應考慮選擇更加適宜的方法進行樣本量估算和統計學分析，如精確概率法等。
公式中，n為樣本量；Z1-α/2、Z1-β為顯著性水平和把握度的標準正態分布的分數位，P0為評價指標的臨床可接受標準，PT為申報產品評價指標預期值。
應對申報產品所聲稱的每個基因的各種突變均進行驗證，且每種突變類型均應具有一定例數。對于個別臨床發生率較低的突變，可結合申報產品的檢測原理（如是否共用相同的引物及捕獲探針等）及申報產品的檢測性能等綜合考慮。
臨床試驗總樣本量確定時應在上述陰、陽性樣本最低樣本量估算的基礎上，同時考慮其他可能造成受試者脫落的情況以及申報產品所覆蓋的所有突變位點應盡量均納入，根據實際情況適當增加入組樣本量。
5.統計分析
首先應針對所入組人群進行人口學分析，包括性別、年齡、治療狀態、組織分型、分期、入組類型、樣本類型（穿刺標本或手術標本）、腫瘤細胞含量、覆蓋所有基因亞組等方面進行分析，還應分析臨床試驗中所納入的陽性判斷值附近的樣本情況。
以四格表分別總結申報產品與對比方法的定性檢測結果，計算陽性符合率、陰性符合率及相應的95%置信區間。除總體統計外，還要針對每個基因、每種突變進行統計分析，以驗證申報產品與對比方法檢測結果的一致性。
對于融合，應分別統計每種融合類型的例數，常見的融合類型應有一定例數。
同時應針對存在混合突變的樣本單獨進行統計分析。
針對不一致樣本，應采用合理的方法進行確認，對不一致的原因綜合進行分析。
（二）臨床意義的確認
1.具有明確伴隨診斷意義的基因變異
針對具有明確伴隨診斷意義的基因變異，如EGFR （19del、L858R、T790M）、ALK融合、ROS1融合、MET 14外顯子跳躍突變、RET融合等，應參考伴隨診斷相關指導原則提供伴隨診斷臨床證據。
1.1 一致性比對
針對EGFR、ALK融合、ROS1融合，如申報產品為針對已上市的抗腫瘤藥物所開發的非原研伴隨診斷試劑，則可按照相關指導原則的要求，采用與原研伴隨診斷試劑進行一致性比對的方式開展臨床試驗，也可采用指導原則中的其他評價路徑。
1.1.1臨床試驗機構的數量
針對此部分臨床研究，申請人應選擇不少于3家經醫療器械臨床試驗機構備案的臨床機構開展臨床試驗。
1.1.2對比方法的選擇
應選用申報產品所聲稱伴隨的抗腫瘤藥物的原研伴隨診斷試劑作為對比試劑。常見的NSCLC抗腫瘤藥物及其所對應的原研伴隨診斷試劑如下：
申報產品用于指導用藥的靈敏度應與原研伴隨診斷試劑相當，根據原研伴隨診斷試劑的靈敏度水平設置相應的陽性判斷值，以保證兩者具有較好的一致性。應注意，申報產品所聲稱的基因變異位點應與原研伴隨診斷試劑具有一致性，超出原研伴隨診斷試劑檢測范圍的突變位點不可作為指導用藥的依據或提供伴隨診斷意義的臨床證據。
1.1.3 入組人群
此部分臨床研究的目的在于評價申報產品的伴隨診斷的預期用途，因此所入組人群應以申報產品所聲稱的伴隨的抗腫瘤藥物的適應證人群為主。如藥物的適應證人群臨床上較少，客觀上無法實現，則臨床試驗中也應包含一部分藥物的適應證人群。
1.1.4 樣本量要求
樣本量的估算方法與上述臨床性能評價中的樣本量估算方法相同，根據與原研伴隨診斷試劑的一致性水平設置合理的最低可接受標準。如原研伴隨診斷試劑同時能夠滿足對申報產品臨床性能的評價，則此部分研究可與第一部分臨床性能的評價進行合并，但應注意入組人群的差異。
如采用與原研伴隨診斷試劑的外部等效性研究進行伴隨診斷用途的驗證，應采用合理的統計學模型進行樣本量的估算，樣本量應能夠滿足考核試劑和原研伴隨診斷試劑檢測結果之間的符合率非劣效于兩次原研伴隨診斷試劑檢測結果之間的符合率的要求。應注意在統計分析過程中非劣效性界值的確定應能夠滿足臨床需求，并提供非劣效界值的確定依據。
此部分研究中應根據適應證人群中的基因突變率納入臨床常見的變異類型。
1.1.5 統計分析
此部分研究的目的在于評價申報產品與原研伴隨診斷試劑在適應證人群中篩選人群的一致性，因此除了應按照不同突變（如EGFR 19del、L858R）進行統計分析外，還應對申報產品與原研伴隨診斷試劑對于用于篩選人群的生物標志物的不同突變匯總統計（EGFR 19del+L858R）。
如伴隨診斷用途的驗證采用與原研伴隨診斷試劑進行比較的外部等效性研究的評價方法，應采用特定的統計學方法進行統計分析，即：評價同時與原研伴隨診斷試劑的第一次檢測結果相比，申報產品和原研伴隨診斷試劑的第二次檢測結果的陽性符合率的差值和陰性符合率的差值的95%置信區間上限是否小于預先設定的非劣效界值。
1.2 橋接試驗及藥物療效觀察性研究
對于MET 14外顯子跳躍突變、RET融合，根據伴隨診斷相關指導原則目前尚不能進行一致性比對的路徑提供伴隨證據，可選擇橋接試驗或藥物療效觀察性研究的路徑進行伴隨診斷意義的驗證。
1.3 與抗腫瘤藥物同步研發的伴隨診斷試劑
如申報產品為與新開發的抗腫瘤藥物同步研發的伴隨診斷試劑，則可提供與藥物同步開發的藥物臨床試驗資料作為其伴隨診斷證據。藥物臨床試驗報告中應明確所使用的伴隨診斷試劑為申報產品，并明確申報產品在藥物臨床試驗中所起的作用以及與藥物療效的關系。
2. 具有臨床意義的基因變異
基于NGS方法的檢測能力及技術特點，對于尚不是伴隨診斷的基因變異位點，但經臨床診療指南公認為具有臨床意義的基因變異亦可以納入其檢測范圍。
針對此類基因變異，對于有已上市同類產品的，無需提供其臨床意義的證據。如尚無已上市同類產品的，申請人應提供針對NSCLC患者的臨床診療指南等臨床公認的相關資料作為該類基因變異位點臨床意義的支持性資料。
（三）通用要求
1.臨床試驗方案
臨床試驗實施前，研究人員應從流行病學、統計學、臨床醫學、檢驗醫學等多方面考慮，設計科學合理的臨床試驗方案。各臨床試驗機構應執行統一的臨床試驗方案，且保證在整個臨床試驗過程中遵循預定的方案實施，不可隨意改動。整個試驗過程應在臨床試驗機構的實驗室內并由本實驗室的技術人員操作完成，申報單位的技術人員除進行必要的技術指導外，不得隨意干涉實驗進程，尤其是數據收集過程。
試驗方案中應確定嚴格的病例納入/排除標準，任何已經入選的病例再被排除出臨床試驗都應記錄在案并明確說明原因。在試驗操作過程中和判定試驗結果時應采用盲法以保證試驗結果的客觀性。
2.質量控制
臨床試驗開始前，建議進行臨床試驗的預試驗，以熟悉并掌握相關試驗方法的操作、儀器、技術性能等，最大限度控制試驗誤差。整個試驗過程都應處于有效的質量控制下，最大限度保證試驗數據的準確性及精密度。
3.臨床試驗報告
臨床試驗報告應該對試驗的整體設計及各個關鍵點給予清晰、完整的闡述，應該對整個臨床試驗實施過程、結果分析、結論等進行條理分明的描述，并應包括必要的基礎數據和統計分析方法，最后得出臨床試驗結論。臨床試驗報告的撰寫參考《體外診斷試劑臨床試驗技術指導原則》的相關要求。
報告中應明確所配套使用的測序儀、生物信息數據分析軟件、測序試劑等具體信息。
數據匯總表中應提供唯一可溯源的樣本編號、基本人口學信息（性別、年齡等）、臨床診斷背景信息、腫瘤的病理分型、分期、組織樣本腫瘤細胞占比、突變類型、突變頻率、測序深度、reads數、申報產品及對比方法的檢測結果等信息。
委托第三方機構進行參考方法檢測的，應提供臨床試驗機構與第三方機構的委托協議。同時應提供參考方法的詳細資料，如：方法原理、所需試劑及儀器、參考方法的性能驗證、參考方法質控、典型的實驗圖譜及數據等。上述資料應由臨床試驗機構簽章確認。
三、參考文獻
[1] NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines?) Non-Small Cell Lung Cancer, Version 7.2021 — October 29, 2021.
[2]中國臨床診療學會（CSCO）非小細胞肺癌診療指南 2022.
[3]中國臨床腫瘤學會非小細胞肺癌專家委員會，二代測序技術在NSCLC中的臨床應用中國專家共識（2020版）[J].中國肺癌雜志,2020,23(9):741-761.
[4]中華醫學會病理學分會等，非小細胞肺癌分子病理檢測臨床實踐指南（2021版）[J].中華病理學雜志,2021,50(4):323-332.
[5]《抗腫瘤藥物的非原研伴隨診斷試劑臨床試驗注冊審查指導原則》（國家藥品監督管理局2021年第95號）[Z].
[6]《與抗腫瘤藥物同步研發的原研伴隨診斷試劑臨床試驗注冊審查指導原則》（國家藥品監督管理局醫療器械技術審評中心2022年第28號）[Z].
四、起草單位
國家藥品監督管理局醫療器械技術審評中心
附件：
關于基于高通量測序技術的非小細胞肺癌相關基因變異檢測試劑的背景介紹
基于高通量測序（high-throughput sequencing）即下一代測序（next generation sequencing，NGS）的技術，檢測腫瘤組織中的基因變異，正在廣泛用于腫瘤診療相關領域。腫瘤基因變異類型包括點突變、插入、缺失、基因重排、拷貝數異常等。尤其精準醫療的蓬勃發展，在抗腫瘤藥物的伴隨診斷領域也起到了至關重要的作用。
肺癌是我國發病率和死亡率最高的惡性腫瘤，按照病理學分類，可分為非小細胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）和小細胞肺癌（small cell lung cancer, SCLC）兩種類型，其中NSCLC是最為常見的組織學類型，約占85%。隨著分子生物學技術的發展，對于NSCLC的認識已經從組織水平發展到了分子水平，越來越多的腫瘤相關基因變異被發現，基于基因變異的靶向治療在NSCLC的抗腫瘤治療中起到了顯著的臨床效果。目前在NSCLC中的腫瘤相關突變基因主要有以下基因：
EGFR：人表皮生長因子受體（Epidermal Growth Factor Receptor，EGFR）突變是NSCLC驅動基因研究中最早發現的基因變異，也是NSCLC中最常見的驅動基因變異。EGFR是一種跨膜酪氨酸激酶受體，該受體激酶域激活與癌細胞增殖、轉移和凋亡等多種信號傳導通路有關。EGFR突變率在亞洲人群晚期肺腺癌患者中的發生率高達50%，該基因的常見突變位點發生在18號～21號外顯子上，其中最常見的是19號外顯子缺失突變（19del）以及21號外顯子L858點突變（L858R），這兩種突變占比約為90%，均為EGFR酪氨酸激酶抑制劑（Tyrosine Kinase Inhibitor，TKI）敏感型突變。20號外顯子上的T790M替代突變為一代TKI的耐藥突變。此外，還有許多類型的突變臨床意義尚不明確。
ALK：間變性淋巴瘤激酶（Anaplastic Lymphoma Kinase, ALK）基因融合在NSCLC中的發生率約為5%~10%，其中EML4是最常見的ALK融合伴侶，占ALK 重排的90%~95%。EML4-ALK又分為多個亞型，其中V1型（E13:A20）和V3型（E6:A20）占比最高，約占EML4-ALK融合突變的75%~80%，其次為V2型（E20:A20），其他EML4-ALK融合亞型則較為少見（占比均不足10%）。ALK靶向抑制劑對ALK基因融合陽性的晚期NSCLC患者具有顯著療效。除EML4這一最常見的融合伴侶外，研究還發現KIF5B、TFG、KLC1、SOCS5、HIP1、TPR、BIRC6等多種罕見的ALK融合伴侶，這些罕見的融合并未有充分的藥物研究。
ROS1：ROS1位于人類6號染色體長臂上，全稱c-ros原癌基因，是跨膜酪氨酸激酶受體家族成員之一。發生融合的ROS1蛋白失去了大部分細胞外結構域，不需要配體結合便可被持續激活，導致下游信號通路功能異常。ROS1融合在NSCLC中的發生率約為2%，重排位點主要發生在32號~36號外顯子，最常見的ROS1融合伴侶是CD74、SLC34A2、CCDC6和FIG。臨床上作為克唑替尼等藥物的檢測靶點。
MET：c-MET為一種表達于上皮細胞和內皮細胞表面的受體酪氨酸激酶，可被其配體干細胞生長因子（HGF）激活，在腫瘤細胞的生長、增殖、侵襲及抑制細胞凋亡方面發揮重要作用。c-MET通路異常激活主要包括MET 14號外顯子跳躍突變、MET擴增和MET蛋白過表達3種類型。目前已有針對MET 14號外顯子跳躍突變晚期NSCLC患者的靶向藥物獲得批準，并且有多個新藥已處于臨床研究階段。
RET：RET原癌基因位于第10號染色體長臂，編碼一種具有酪氨酸激酶活性的單次跨膜糖蛋白受體。RET激酶受體可通過細胞內酪氨酸殘基的自磷酸化激活，觸發包括RAS-MARK、PI3K-AKT、JAK-STAT等于細胞增殖及存活相關的信號通路。RET基因變異主要有兩種形式，點突變及基因融合。RET基因融合常見于NSCLC，在NSCLC中的發生率約為1.4%~2.5%，其中KIF5B-RET為最常見的RET融合，約占68.3%，其次為CCDC6-RET（16.8%）、NCOA4-RET（1.2%）。RET融合基因為靶向藥物的研發提供了靶點，目前國內已有針對NSCLC的RET抑制劑獲批上市。
BRAF：BRAF突變可導致MAPK/ERK信號通路異常活化，在NSCLC中突變頻率為1%~2%，常見突變位型為V600E，約占50%以上。一般認為，BRAF V600E突變可能是NSCLC的不良預后因素。
KRAS：KRAS在亞洲人群中突變率為8%~10%，突變位點位于2號及3號外顯子。研究表明，KRAS突變可能與患者預后差、耐藥等相關。
ERBB2（HER2）：HER2是酪氨酸激酶受體ERBB家族成員之一，在NSCLC中最常見的突變是20號外顯子插入突變，在NSCLC中的突變率為2%~4%。研究顯示，小分子TKI對HER2突變型的晚期NSCLC患者的療效不佳。
基于NGS技術高通量的特點，并且可檢測的變異類型多樣, 隨著研究的深入，會有越來越多的具有臨床意義的基因變異被發現。目前在NCCN及我國相關非小細胞肺癌診療指南中推薦檢測的主要為以上基因變異，考慮到中國NSCLC患者特有的基因變異頻率、藥物在中國的獲批適應證及藥物可及性，CSCO NSCLC診療指南（2022）中對不可手術的晚期NSCLC患者，檢測分子標志物EGFR突變、ALK融合、ROS1融合、RET融合以及MET 14外顯子跳躍突變作為Ⅰ級推薦。相關的專家共識中亦建議至少應同時檢測EGFR突變、ALK融合和ROS1融合三種形式的基因變異。
